Misi:
Yayasan Museum Sejarah Maluku memperlajari, memfasilitasi, dan menyalurkan sejarah, kesenian, kebudayaan, dan perkembangan Moluccans (Kisah orang-orang Maluku) kepada khalayak umum di dalam maupun luar Belanda.

Visi:
Yayasan Museum Sejarah Maluku membina institusi yang bergerak dibidang budaya dan sejarah kontemporer dengan merawat koleksi, memfasilitasi aktivitas dan proyek, serta terus mengembangkan kerjasama dengan berbagai organisasi.